从全部资产更新改为部分置换后，亚通股份重组再次发生变化。原计划注入公司的崇明旅游公司约10%股权被注销。此次变更导致购买资产与购买资产差异2000万元。公司表示，差额将由崇明港投资公司以现金方式向上市公司补足。
亚通今日公告，公司与崇明港投资公司于2010年5月13日签署协议《资产置换合同》，公司将转让其全资子公司上海亚通高速客运公司的13艘大小高速船舶及12艘船舶。母公司拥有的大、小型高速船舶。客轮、南门码头资产、宝阳码头资产以及崇明港投资公司拥有的锦绣大酒店的固定资产和土地以及在建的京南大酒店两项资产为资产。等价替换。购买资产作价总额为2.05亿元，购买资产作价总额为2.25亿元。公司表示，2000万元差价将由崇明港投资公司以现金方式向上市公司补足。
资料显示，锦绣大酒店位于崇明县城桥镇中心区，占地面积约12000平方米，建筑面积约9359.83平方米。拥有中高档标准间、套房、单间155间，大、小型会议室5个。锦绣宾馆固定资产及土地作价9503.77万元。正在建设中的京南宾馆位于崇明县城北侧，占地面积约11000平方米，地上建筑面积约11500平方米，地下停车库4000平方米，及标准间120间。预计总投资约7000万。元，京南大酒店结构已封顶，预计2010年4月竣工。公告显示，在建的京南大酒店作价1.1亿元。
据报道，10月31日长江隧道大桥的通车，对亚通快递深圳至重庆航线的水运业务造成了严重影响，公司出现较大经营亏损。公司2009年净利润仅为393.83万元，同比下降84.45%。亚通的主要运输业务已连续两年亏损。亚通2008年的营业利润为-158万，2009年的营业利润为-352万。投资收益1320万元，资产减值327万元。扣除投资收益和资产减值后，公司2009年营业利润为亏损1348元。一万元。面对如此困境，公司大股东崇明县国资委提出重大资产重组，剥离亚通部分资产，注入酒店资产。
